Württemberg wurde Königreich und König Friedrich I. formte es zu einem zentralistischen Staat nach französischem Vorbild und regierte absolutistisch. Er schaffte 1805 den Landtag ab und säkularisierte 1806 alles Kirchengut und damit auch die Klöster, die nun zum unmittelbaren Staatsgut wurden. Dieser Gewaltakt, der einem Staatsstreich gleich kam, war das Ende der alt-württembergischen Verfassung, und damit auch das Ende der Landstandschaft der Prälaten. Auch sonst erfolgten umwälzende Veränderungen des gesamten Staatswesens. Die alten Verfassungs- und Verwaltungsstrukturen wurden beseitigt; insbesondere wurde die Bildungspolitik nach den Interessen des Staates reformiert. Die obersten kirchlichen Leitungsbehörden verloren ihre Selbständigkeit, das Konsistorium wurde als nachgeordnete Ministerialbehörde dem Kultministerium zugeordnet. Innerhalb dieses Ministeriums führte eine neu geschaffene Behörde die Aufsicht über das gesamte höhere Schulwesen, die ab 1817 den Namen kgl. Studienrat erhielt (später hieß sie Kultministerialabteilung für Gelehrten- und Realschulen und seit 1908 Ministerialabteilung für die höheren Schulen). Ihr gehörte erst seit 1851 ein Mitglied des Konsistoriums an. Damit war das höhere Bildungswesen nicht mehr in der Obhut der Kirche, sondern ganz in staatlicher Hand.
Schon bald wurde Kloster Bebenhausen zum Jagdschloß des Königs umgewidmet; die Klosterschüler mußten nach Maulbronn umziehen. Im Kloster Denkendorf entstand eine Zuckerfabrik, in Blaubeuren wurde eine Kavallerie-Kaserne eingerichtet. Als Ersatz wurde 1810 das erst 1802/03 säkularisierte Kloster Schöntal zum Sitz einer Schule ausersehen.
Sie erhielt nun, ebenso wie die Parallel-Anstalt Maulbronn die mehr zeitgemäße Bezeichnung "niederes evangelisch-theologisches Seminar". Die Bezeichnung "höheres ev.-theol. Seminar" wurde dem evang. Stift in Tübingen zugeordnet.

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